A camada mais profunda da córnea designa-se endotélio corneano. É constituída por células cuja principal função é regular o conteúdo em água do estroma corneano, sendo esta função fundamental para a manutenção da transparência corneana.

A observação do endotélio corneano com o microscópio especular, permite analisar a morfologia das células endoteliais e realizar a sua contagem, avaliando o grau de compromisso da função endotelial.

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